Mannerjää vetäytyi luoteeseen jääkauden lopulla, runsaat 12000 vuotta sitten. Kesälahden alueella lainehti Baltian jääjärvi, jonka korkeimmat rantatörmät olivat yli 100 metriä korkeammalla kuin Kesälahden nykyinen merenpinta. Maankohoaminen ja kallistuminen muovasivat niin Itämerta kuin sisävesistöjäkin. Saimaan selät alkoivat kuroutua itsenäisiksi altaiksi vuoden 9000 eKr. jälkeen. Syntyi Suur-Saimaa.

Epätasaisen maankohoamisen seurauksena maanpinta kallistui kohti kaakkoa. Saimaan vedet tulvivat rannoille Joensuu – Ristiina -linjan kaakkoispuolella. Merkit ihmisen liikkumisesta alueella peittyivät tulvahiekkakerrosten alle. Vasta Vuoksen uoman puhkeaminen noin 3900 eKr. sai vedenpinnat laskemaan vaiheittain Kesälahdella. Pyhäjärvi kuului Suur-Saimaan altaaseen, mutta koska sen lasku-uoma sijaitsee altaan luoteispäässä, on suuri osa sen rannoilla sijainneista muinaisjäännöksistä jäänyt Vuoksen puhkeamisesta huolimatta vesimassojen.